A avetura se passa no planeta Zebes e dessa vez Samus Aran terá que procurar uma lava da Metroid que foi roubada. Ao longo dessa busca, você terá que percorrer um cenário gigante. O cenário e composto de inumeras passagens, algumas só abrem com um determinado tipo de tiro, outras apenas quando você passar por alguma parte. No jogo você poderá pegar uns power-ups para incrementar a armadura de Samus. Você terá que passar por desafios, explorar muito bem os lugares de cada fase para coletar itens e passar para os proximos levels.
No jogo você passará por diversos andares, sempre com inimigos pela frente. Em algumas salas você poderá salvar todo o processo percorrido. Assim, como haverá salas para recarregar sua energia e suas ''munições''. Você ainda contará com um mapa para te ajudar. O mapa lhe mostrará em rosa as areas que você já visitou e em azul as areas que não foram visitas.
